Dla winnickiego Sankuarium Miłosiedzia Bożego II Niedziela Wielkanocna była podwójnym świętem. Przede wszystkim parafia obchodziła uroczystości odpustowe. Cała parafia i liczne goście dziękowali Panu Bogu za dar błogosławionego Jana Pawła II, z którym Sanktuarium jest szczególnie związane. Papież Polak poświęcił obraz Jezusa Miłosierdnego, znajdujący się w głównym ołtarzu kościoła podczas swej wizyty do Krakowa.
«Ten obraz stał na zewnątrz z napisem: „Ojcze Święty, błogosław ten Obraz i Sanktuarium”, ponieważ już wtedy myśleliśmy o Sanktuarium Miłosierdzia Bożego tu, w Winnicy, — opowiada CREDO jego kustosz i proboszcz ks. Kazimierz Dudek, — Papież zatrzymał się i zrobił znak Krzyża, przechodząc obok obrazu. Wiemy, że to wystarczy, obraz był poświęcony. Wracając, Jan Paweł II zatrzymał się przed obrazem znowu i chwilę się pomodlił. Papież był pierwszym, kto się pomodlił przed tym obrazem po poświęceniu. Trochę skombinowałem, ponieważ żadnych poświęceń w planie nie było. Pomogła mi moja siostra rodzonna, która jest zakonnicą w Zgromadzeniu Matki Miłosierdzia».
Winnicki kościół był konsekrowany w roku 2000 jako wotum wdzięczności w pierwszą rocznicę pielgrzymki papieża Jana Pawła II do Ukrainy, potem świątynia została ogłoszona Sanktuarium.
Mszy Świętej odpustowej przewodniczył biskup Witali Skomarowski. «Po ludzku często stoimy przed wyborem: być miłosierdnym albo sprawiedliwym. Pan Bóg, obdarowując miłosierdziem, pozostaje sprawiedliwym. On jest całkowicie miłosierdnym i sprawiedliwym», — powiedział jego ekselencja podczas homilii. Uroczystość zakończyła się procesją z Najświętszym Sakramentem.