У період від 1946 до 1989 року УГКЦ була найбільшою забороненою Церквою в світі.
43 роки вона діяла в підпіллі. Усупереч волі священнослужителів і вірних, на «Львівському соборі» 1946 року було оголошено про її ліквідацію. Древні храми були забрані, єрархів ув’язнювали і відправляли на заслання, віруючих змушували відмовитися від церковної традиції їхніх батьків. Про це пише РІСУ.
Комуністична влада Росії не могла змиритися з існуванням духовної спільноти, що століттями формувала та зберігала українську національну ідентичність.
Тисячі вірних та духовенство УГКЦ зазнали репресій та гонінь. Ще з квітня 45-го року практично всі єпископи УГКЦ та кілька чільних настоятелів монастирів уже були у катівнях НКВС. Тисячі священників- греко-католиків опинилися в радянському концентраційному таборі ГУЛАГ. За інформацією Інституту історії Церкви (УКУ), протягом 1945–1946 років, НКВС арештував понад 800 греко-католицьких священників та єпископів на термін від 10 до 25 років таборів у Мордовії, Сибіру, Казахстані. Серед них — і провідник УГКЦ Йосип (Сліпий), який керував Церквою з заслання 18 років її підпілля.
У серпні 1987 року група духовенства УГКЦ та українські дисиденти написали прохання до Папи посприяти виходу УГКЦ з підпілля. Було зібрано десятки тисяч підписів мирян УГКЦ.
У травні 1989 року греко-католики оголосили голодування на Арбаті у Москві з вимогою легалізувати УГКЦ.
29 жовтня 1989 року УГКЦ вийшла з підпілля та повернула свій храм Преображення у Львові.
1 грудня 1989-го, після зустрічі Михайла Горбачова з Папою Йоаном Павлом ІІ було дозволено офіційно реєструвати парафії УГКЦ.
Папа Йоан Павло ІІ під час візиту в Україну проголосив блаженними 27 мучеників УГКЦ за віру, які постраждали саме в період переслідувань УГКЦ. Визнання цих 27-ми осіб – це визнання цілої Церкви, її духовного подвигу в ХХ столітті, того, що вона не побоялася кинути виклик тогочасній тоталітарній системі. Підпілля зберегло віру. УГКЦ вийшла з нього ще сильнішою і організованішою Церквою.
УГКЦ 27 червня вшанує своїх ісповідників віри та мучеників, яких беатифікував під час візиту до Львова св. Йоан Павло ІІ.
Невдовзі Церква започаткувала новий процес. Імен у списку понад сорок, яких об’єднала віра і відданість УГКЦ.