Святий о. Піо молився на розарії передусім за інших людей, не виключаючи тих, через кого сам страждав або від кого терпів страждання.
Якось він згадав у рефекторії (монастирській їдальні) о. Роджеро да Сант’Еліа, померлого у 1914 році: «Цей отець колись належав до нашої спільноти. Майже щодня приходив до мене, коли я відпочивав по обіді, й розповідав мені про свої справи. Я слухав його з великою жертовністю. Тепер щоденно — навіть якщо почуваюся змученим і виснаженим — о тій самій годині, щоб винагородити за те, що він мене змушував до такого зречення, я молюся розарій за нього».
Брат Еузебіо згадував, що коли Падре Піо молився за себе, це було тільки прохання про смерть.
«П’ять років, проведених з Падре Піо — без відпусток, без канікул, як і без спротиву з мого боку, — це найпрекрасніший період мого життя». Під час хвороби о. Піо брат Еузебіо був відкликаний із Сан Джованні Ротондо і перенесений до іншого монастиря. Падре Піо побоювався, що його віддадуть під опіку якогось недосвідченого новіція. Брат Еузебіо радив йому цього разу помолитися про благодать для себе, щоб Господь змінив наставлення старших і зробив так, щоби він тут залишився. Падре Піо відказав: «Сину мій, я не можу. Я склав обітницю перед Господом, що ніколи не молитимуся за себе, тільки за інших».
І додав: «Месу цього ранку я відслужу за себе і за тебе, нехай Господь учинить, щоб я радше помер, ніж бачив, як ти від’їжджаєш».
Падре Піо не очікував, що Господь Бог виконуватиме всі його прохання. Він був переконаний, що певні події з минулого вписані в одвічний Божий план і за цим планом збуваються. Натомість інші обумовлені вчинками і молитвами людини. Також він вважав, що полегшення у стражданнях не завжди є волею Бога. Святий капуцин підкреслював: Господь Бог не прагне, щоб усі християни мали здоров’я, добробут і радісного духа.
З особливою ревністю Падре Піо молився за душі в чистилищі на розарії, що мав благодать повного відпусту. Цей відпуст, який встановив папа Пій Х, пізніше був скасований. Той, хто молився такий Розарій, міг протягом одного дня випросити у Бога повний відпуст для душ у чистилищі багато разів, а не один раз на день: стільки, скільки частин Розарію помолиться. Отець Піо, який уже дитиною жертвувався за душі в чистилищі, не гайнував ані хвилини, щоб визволити якомога більше душ.
Клеоніче Моркальді, духовна донька Падре Піо, у своїх спогадах занотувала, що він отримав від монсеньйора Куккароллі великий пакунок розаріїв із наданим повним відпустом. Коли один із таких розаріїв він подарував їй, то сказав: «Ввіряю тобі скарб, умій його цінувати. Допоможімо душам у чистилищі, закінчімо їхнє ув’язнення».
Падре Піо не обмежував кількості промолених Розаріїв, коли цей відпуст Церква скасувала. Клеоніче по-своєму прокоментувала цей факт: «Власне кажучи, тепер достатньо помолитися лиш один Розарій, якщо ті відпусти скасовано». Падре Піо відповів: «Не хочеш молитися тому, що відкликали відпуст? Молися! Хто багато молиться — невпинно спасається. Чи є краща молитва, яку Пресвята Діва охочіше вислуховує, ніж та, якої Вона сама нас навчила?»