28 грудня 2022 року Папа Франциск під час загальної аудієнції сказав: «Я прошу всіх вас про особливу молитву за вислуженого Папу Бенедикта, який у тиші підтримує Церкву. Пам’ятайте про нього, — він дуже хворий, — благаючи Господа, щоби Він утішив його і до кінця підтримував у його свідченні любові до Церкви».
Незабаром після цього Ватикан підтвердив, що стан здоров’я 95-річного Бенедикта XVI погіршився — причиною цьому став його поважний вік. Однак він не лягав до лікарні, а провів свої останні дні під наглядом у ватиканському монастирі «Mater Ecclesiae». Там його востаннє бачили публічно разом із Папою Франциском — він прийшов до Бенедикта з візитом у серпні 2022 року разом із новими кардиналами, призначеними напередодні.
Через три дні, у суботу, 31 грудня, світ почув звістку про смерть німецького Папи. Маттео Бруні, голова пресслужби Святого Престолу, повідомив, що Бенедикт XVI відійшов до Господа о 9:34 у монастирі «Mater Ecclesiae», де постійно проживав після свого зречення у 2013 році. Як повідомив його багаторічний особистий секретар Ґеорґ Ґенсвайн, його останніми словами були слова італійською мовою: «Господи, я люблю Тебе!» («Signore ti amo!»)
Наступного дня після смерті Бенедикта XVI був оприлюднений його духовний заповіт, датований 29 серпня 2006 року. У ньому він звертався до люду Божого з проханням бути стійкими у вірі і не піддаватися розгубленості, а також просив молитися, «щоб Господь, незважаючи на всі мої гріхи та недоліки, прийняв мене у вічних покоях».
Труну з тілом понтифіка, одягненим у червоні шати, виставили у каплиці монастиря для прощання, а потім перенесли до базиліки святого Петра. Протягом кількох днів до нього прийшло попрощатися понад двісті тисяч паломників з різних куточків світу.
Похорон Папи-емерита відбувся 5 січня. Церемонія була виваженою і простою — загалом вона відповідала тій, яка була використана під час похорону святого Йоана Павла ІІ, однак із певними змінами й особливостями. Це був історичний момент: вперше в історії Церкви Папа ховав свого попередника. «Бенедикте, вірний друже Нареченого, нехай твоя радість буде досконалою, коли чутимеш Його голос остаточно і назавжди» — сказав Папа Франциск, завершуючи свою проповідь під час Меси похорону.
Папу Бенедикта XVI поховали поруч із гробом святого Петра у Ватиканських ґротах — там, де до беатифікації був похований святий Йоан Павло ІІ.
«Він помер в октаві Різдва, у свій улюблений літургійний час, у день спомину свого попередника — святого Сильвестра, Папи при імператорі Константині. Він був обраний у день спомину німецького Папи, святого Лева IX Ельзасського; він помер у день спомину римського Папи, святого Сильвестра» — сказав у інтерв’ю архієпископ Ґенсвайн.