На ХХХІ Генеральній конгрегації Товариства Ісусового (1965 р.) о.Педро Аррупе був обраний 28-м Генеральним настоятелем (на фото). Під кінець життя він сказав про себе: «Справді, це глибокий духовний досвід – знати й відчувати, що ти повністю в руках Божих».
Баск за походженням (історична область в Іспанії), о.Педро працював як місіонер у Японії, коли вибухнула ІІ Світова війна. Напад японців на Перл-Харбор стався 7 грудня 1941 р. Наступного дня, в урочистість Непорочного Зачаття Діви Марії, о.Педро був арештований просто під час Святої Меси і ув’язнений «про всяк випадок», як чужинець. Його глибоке молитовне зосередження і спокійна поведінка викликала повагу і в ув’язнених, і в охоронців. Місяць, проведений у тюрмі, о.Педро пізніше згадував як один з найплідніших духовно періодів свого життя.
1942 року його призначили наставником новіціату в Японії. Дім новіціату був розташований у передмісті Хіросіми. І коли 6 серпня 1945 р. на місто впала атомна бомба, о.Педро серед перших, разом з лікарями дістався центру Хіросіми. Враження підсумував так: «Це позаісторичне пережиття назавжди відбилося в моїй пам’яті». Аби допомагати потерпілим, о.Педро перетворив дім новіціату на шпиталь для понад 200 важкопоранених.
Пізніше, в 1958-1965 рр., він став першим настоятелем Провінції єзуїтів у Японії. А наступний етап його життя – буття Генералом Товариства Ісусового (до 1983 р.). Особливо важливим моментом стала ХХХІІ Генеральна конгрегація (1975 р.). У її четвертому декреті було сформульовано головний напрямок діяльності єзуїтів на найближчий час: «Наша місія сьогодні – служіння вірі та підтримка справедливості». Входження релігії в політику – справа нелегка й інколи викликає бурі емоцій. З цього погляду однозначне пов’язування діяльності єзуїтів з підтримкою справедливості стало серйозною заявою.
Не була легка в ті дні праця в Центральній та Південній Америці. Так, 20 червня 1977 р. «виконавчий відділ» (убивці) організації «Союз білих бійців» погрозив убити всіх 47 єзуїтів, які працювали в Ель Сальвадор, якщо ті не полишать працю з бідняками і не виїдуть геть. По розмовах з представником «Союзу» о.Аррупе сказав: життя братів може закінчитися мучеництвом, але вони не мають наміру виїжджати з Сальвадору, бо не полишать людей.
Останній період життя (від 1981 р.) о.Аррупе провів в інвалідному візку, страждаючи від паралічу правої сторони тіла. Прохання про відставку подав 1983 р., але жив паралізований ще 10 років. «Більш ніж будь-коли я відчуваю себе в Божих руках, – такі його слова було зачитано 1983 р. – Цього я прагнув змолоду, але тепер справа зовсім інакша: ініціатива цілковито належить Богові». Помер о.Педро 1991 р. Його ім’ям названо кілька єзуїтських Домів, шкіл та інституцій.